Trước trận Đại Giới

Ngay cả trước khi trở thành hoàng đế, Phù Đăng đã liên tục giao chiến với Diêu Trường, và sau khi Phù Đăng đăng cơ thì chiến tranh càng trở nên ác liệt. Phù Đăng cho lập một điện thờ Phù Kiên, và bất cứ khi nào ông thực hiện một quyết định quan trọng, ông đều đến báo cáo Phù Kiên. Ông cũng được mô tả là một bậc thầy về các đội hình hình vuông và hình tròn (mặc dù không rõ về cơ chế chính xác), và đã bước đầu giành được chiến thắng trong một số trận với Hậu Tần, Diêu Trường sợ hãi đến nỗi cũng cho lập một điện thờ Phù Kiên, tạ lỗi về việc đã giết chết Phù Kiên và mong tha thứ. Tuy nhiên, sau khi vẫn không giành được chiến thắng, Diêu Trường đã cắt đầu của hình nộm Phù Kiên và đưa cho Phù Đăng. Song các chiến thắng của Phù Đặng trước Diêu Trường đã không thể kéo dài, và chiến tranh giữa Tiền Tần và Hậu Tần đã trở nên bế tắc. Trong khi đó, các thiếu sót của Phù Đăng được phô bày khi ông không có khả năng hành động một cách quyết định để giáng cho Hậu Tần các thất bại lớn, Diêu Trường đã lợi dụng khuynh hướng thiếu quyết đoán của ông để dần dần tiêu diệt các tướng Tiền Tần ở vùng Quan Trung và củng cố sức mạnh của mình.

Năm 387, Phù Đăng phong người cai trị Tây Tần là Khất Phục Quốc Nhân tước hiệu Uyển Xuyên vương, và Khất Phục Quốc Nhân đã chấp thuận, cũng có nghĩa đã chịu khuất phục Phù Đăng ít nhất là trên danh nghĩa. Sau khi Khất Phục Quốc Nhân qua đời năm 388 và Khất Phục Càn Quy lên kế vị, mối quan hệ này vẫn tiếp tục.

Vào mùa hè năm 388, Thái tử Phù Ý qua đời, Phù Đăng lập con trai mình là Phù Sùng làm thái tử.

Vào mùa hè năm 389, một trận chiến đã gây cho Phù Đăng nhiều thiệt hại. Ông cho lập căn cứ tại Đại Giới (大界, nay thuộc Hàm Dương, Thiểm Tây) và để cho Mao Hoàng hậu canh giữ, trong khi bản thân đi đánh chiếm thành Bình Lương của Hậu Tần. Tuy nhiên, Diêu Trường lúc này đã tiến hành tấn công bất ngờ vào Đại Giới, bắt và giết chết Mao Hoàng hậu và hai con trai Phù Biện và Phù Thượng của Phù Đăng. Khoảng 50.000 thần dân của Phù Đăng bị bắt giữ.

Sau trận Đại Giới

Sau trận Đại Giới, Phù Đăng không còn có thể tiếp tục tiến hành các chiến dịch lớn để chống lại Hậu Tần, mặc dù hai nước vẫn liên tục giao chiến, và Diêu Trường đã thấy khó mà tiêu diệt được Phù Đăng. Tuy nhiên, Diêu Trường tiếp tục củng cố sức mạnh với việc tiêu diệt các tướng bán độc lập khác, Hậu Tần ngày càng trở nên lớn mạnh.

Năm 392, Phù Đăng lập một người thiếp làm hoàng hậu, tức Lý Hoàng hậu.

Cũng trong năm 392, Diêu Trường lâm bệnh, và khi Phù Đăng biết được tin này, ông đã mở một chiến dịch lớn nhằm tiến đánh thành An Định (安定, nay thuộc Bình Lương, Cam Túc) của Hậu Tần, song Diêu Trường mặc dù đang bệnh tật vẫn đối mặt với Phù Đăng, buộc Phù Đăng phải rút lui.

Qua đời

Diêu Trường mất vào khoảng tết năm 394 và kế vị ngai vàng Hậu Tần là Diêu Hưng. Mặc dù Diêu Hưng đã cố giữ bí mật về cái chết của Diêu Trường, song Phù Đăng vẫn biết tin. Phù Đăng rất vui mừng khi nghe tin Diêu Trường chết, và cho chuẩn bị để mở một cuộc tấn công lớn nhắm vào Hậu Tần. Phù Đăng lệnh cho huynh đệ là Phù Quảng (苻廣) phòng thủ Ung Thành (雍城, nay thuộc Bảo Kê, Thiểm Tây) và Phù Sùng phòng thủ Hồ Không bảo (胡空堡, nay thuộc Hàm Dương, Thiểm Tây), song ông không thể bảo đảm được quân lính của mình có đủ nguồn cung cấp nước. Diêu Hưng cho quân đến Mã Ngôi (馬嵬, nay thuộc Hàm Dương, Thiểm Tây) để ngăn quân Tiền Tần đến con sông gần đó, quân Tiền Tần đã sụp đổ vì khát. Khi hay tin thất trận, Phù Quảng và Phù Sùng đã bỏ hai thành mà họ giữ. Phù Đặng chạy trốn đến Bình Lăng và sau đó đến các vùng đồi núi. Ông cử con trai là Nhữ Âm vương Phù Tông đến chỗ Khất Phục Càn Quy và gả em gái là Đông Bình công chúa cho Khất Phục Càn Quy làm vương hậu nhằm tìm kiếm sự trợ giúp của Tây Tần. Khất Phục Càn Quy đã cử tướng Khất Phục Ích Châu (乞伏益州) đem quân đến trợ giúp cho Phù Đăng, song khi Phù Đăng ra khỏi vùng đồi núi để đến chỗ quân của Khất Phục Ích Châu, Diêu Hưng đã phục kích và bắt giữ ông, sau đó xử tử. Diêu Hưng giải tán quân đội của Phù Đăng và gả Lý Hoàng hậu của Phù Đăng cho tướng Diêu Hoảng (姚晃) của mình.